随着农业税费的彻底取消和国家对农业扶持政策的贯彻落实，农村土地的效用大大提高，一些进城务工的农民也纷纷返乡耕种土地。原来并不突出的农村公用设施占地纠纷也开始凸显出来。在农业税费取消前，农村学校、交通、水利等公用设施占地一般没有办理征地手续，对土地承包经营权人通常采取减收农业税费的办法给予补偿。农业税费取消后，土地承包人的补偿落空，从而引发农村公益设施占地纠纷。有的农户准备向法院提起诉讼，要求保护自己的承包经营权，而农村公用设施占地性质的特殊性使得人民法院面临着是否受理的难题。

目前司法实务界存在两种观点：一种观点认为这类纠纷不宜通过司法途径解决。首先，这类纠纷量大面广，涉及的农户众多，在农村，基本上每个村社都有类似纠纷；其次，历史遗留问题多，有的农户虽然一直在反映，但多年未得到补偿，其间一些证据已经灭失，还可能涉及诉讼时效问题，通过司法途径解决，须严格执行法律和相关司法解释的规定，很多农户的合法权益可能因证据和时效的原因而得不到保护，占地矛盾就得不到根本解决，可能引起大量涉诉上访、缠访。第三，相关法律政策规定不明确。农村公益设施占地不符合国家征地条件，没有办理征地手续，怎样补偿？标准如何？都不明确，给人民法院如何适用法律造成了很大的困难。第四，裁判后难以执行。公用设施占地纠纷案件，如果承包人提起诉讼，只能由村社集体经济组织为被告，但村社集体经济组织多数“空心”化，没有或仅有少量的集体财产，没有履行能力，向集体经济组织成员集资，更难实行，法院裁判执行难，容易出现“空调空判”现象。因此，持此观点的人认为解决这类矛盾纠纷宜用社会治安综合治理的办法，人民法院收到当事人的诉状后，不宜立案受理，但要利用建设社会主义新农村的契机，积极协调党委政府，采取其他方法予以彻底解决。

另一种观点认为对于是否应当受理农村公用设施占地纠纷的问题，是不存在任何争论的，因为其中涉及到农民个人的财产权利，有权利就应当有救济。法院作为司法机关，是救济权利的最后屏障。对属于村民合法用益物权权益，神圣不可侵犯，应受法律保护。如果单纯为了所谓“公共利益”而使村民个人的合法权益消失殆尽，无论从法理上还是从情理上都是说不过去的。尤其在中西部地区，土地作为农民的主要生存资料，在为了集体组织公共利益而被占用土地又得不到补偿的情况下，法律又关闭诉讼之门，有可能导致他们生存的艰难或者社会的不稳，所以，无论从法律角度还是社会角度均应受理此类纠纷，具体可做为民事案件处理，以特殊侵权或者土地征用纠纷来诉讼。

笔者认为，土地征用是发生在国家和农民集体之间的所有权转移，是指国家为了社会公共利益的需要，按照法律规定的批准权限和程序批准，并给农民集体和个人补偿后，将农民集体所有土地转变为国家所有。国家的这种征用是以土地的补偿为代价的。土地征用是政府强制性取得集体土地所有权的一种方式。这种所有权的转移是在有偿的方式下发生的。在此过程中，土地权利的转移不是一种市场行为，而是一种行政行为。为了国家建设的需要，农民集体不得以任何理由阻碍政府。此时农民集体所有权表现为一种不完全的所有权，其收益权受到削弱。而农村公用设施占地纠纷与国家征用是完全不同的概念，农村公用设施占地是为了本集体经济组织的公共利益，所有权并不发生转移，也不是一种政府行为，所以第一种观点认为“农村公益设施占地不符合国家征地条件，没有办理征地手续，怎样补偿？标准如何？都不明确，给人民法院如何适用法律造成了很大的困难”具有一定的合理性。但是，这是否意味着法院就对此类纠纷就不应当受理。很显然不是。我国法律明确规定农村土地属集体所有，农民享有本集体土地的承包经营权。这些权利可以通过土地登记，并发放相应的土地权利证书，从而在法律上得到有效的确认和保护。在权利证书中明确规定了集体土地权利主体的权利和义务，可以通过土地利用现状调查或地籍调查查清各权利主体的土地边界、面积、位置等基本情况，使权利的行使能够对应特定的物，从而防止权利的虚化，使其不被他人侵害，从而真正享有土地的所有权或使用权。由于我国特殊的国情，集体土地对农民而言不单是生产资料，还是保障资料。农村公用设施占用土地对农民而言将永远或者较长时间失去土地的经营权，失去生活的可靠来源和保障。加之我国社会保障体系很不健全，农民未被纳入社会保障之列，被剥夺土地后其生存保障问题必须予以考虑。我国《民法通则》第八十条规定：公民、集体依法对集体所有的或者国家所有由集体使用的土地的承包经营权，受法律保护。承包双方的权利和义务，依照法律由承包合同规定。新颁布的《物权法》对村民的土地承包经营权做出了更加严格的规定。当农村公用设施占用村民合法承包经营的土地时，虽然其占用行为法律认可，但其补偿缺失却是侵犯了村民的承包经营权，属于受诉范围，人民法院当然应予以受里，具体可以集体经济组织为被告，以侵权纠纷或者合同纠纷来处理，从而充分维护农村村民的合法权益，为新农村建设提供完善的司法保障。