在我国刑事诉讼中，自诉案件是指被害人或者他的法定代理人向法院起诉，要求追究被告人刑事责任，由法院直接受理的刑事案件。根据刑诉解释第188条第5项规定，对于自诉案件法院经审查被告人下落不明的，应当说服自诉人撤回自诉，或者裁定驳回起诉。但是被告人犯罪后长期下落不明，或者犯罪后蓄意出外躲避刑罚（这时的表现形式也是下落不明），等到犯罪已过追诉的时效期限时重新出现，此时如何保护自诉人的合法权益呢？虽然刑法第88条第2款规定被害人在追诉期限内提出控告，人民法院、人民检察院、公安机关应当立案而不予立案的，不受追诉期限的限制。但是在提起自诉时被告人下落不明而被法院驳回起诉情况不属于刑法第88条规定的情况，因为该条针对的是公检法应当立案而不予立案的情况；而在提起自诉时被告人下落不明则依照司法解释的规定属于不应当立案的情况，所以不应当纳入刑法第88条规定的范围。毕竟，在自诉人提起自诉时被告人外出躲避刑罚不是自诉人的过错。

我国刑法立法目的和刑法任务之一就是为了惩罚犯罪，保护人民。而且主要在于通过惩罚犯罪来保护人民。具体而言，我国刑法是通过规定和追究犯罪人的刑事责任的手段来实现其社会保护功能的。我国刑法规定了犯罪人的刑事责任及其主要负担方式刑罚，其目的在于预防犯罪，包括对犯罪人的特殊预防和对其他人的一般预防。刑法的目的同样在于维护公民、单位、国家和社会的合法权益，即法益。正如张明楷教授所言，刑法也是保护法。“刑法的任务可概括为保护合法权益，保护的方法是禁止和惩罚侵犯合法权益的犯罪行为。惩罚和保护密切联系：不使用惩罚手段抑止犯罪行为，就不可能保护合法权益；为了保护合法权益，必须有效地惩罚各种犯罪；惩罚是手段，保护是目的。那么在上述情况下自诉人的合法权益显然是无法保护的，是显失公允的是与刑法的目的与任务相悖的。

另外我国刑事诉讼法第1条也规定把“惩罚犯罪，保护人民”作为其目的之一，我国刑事诉讼的价值目标是公正优先兼顾效率。刑事自诉中的自诉人属于被害人的范畴，保障刑事被害人的合法权益，直接关系到刑事司法的公正性和社会秩序的稳定。联合国大会1985年11月29日的40／34号决议通过《为罪行和滥用权力行为受害者取得公理的基本原则宣言》，以联合国文书的形式集中规定了保障罪行受害者的基本原则。这表明，加强对刑事被害人权益的保障，已成为世界各国的一项共识成为世界潮流。刑事被害人是无辜的保护他们的合法权益是法律的责任！我国现行刑法、刑事诉讼法对被害人的保护是不充分的。因为注重于被告人本位，在某种程度上，刑事被害人再度成为刑事司法制度的受害者。而我国的现行的刑事诉讼法规定在提起自诉时被告人下落不明时对于自诉人服自诉人撤回自诉，或者裁定驳回自诉的规定显然是与刑事诉讼的目的及价值目标不符的。

综上从我国刑法、刑事诉讼法的目的与任务来看，在提起自诉时被告人下落不明的对自诉人的控诉的规定：犯罪已过追诉时效期限的，应当说服自诉人撤回自诉，或者裁定驳回起诉。这是和我国的刑法及刑事诉讼法的目的与任务背道而驰的，因为在提起自诉时被告人下落不明的对自诉人救济应当是我国的刑法及刑事诉讼法目的与任务使然，立法上应当在刑法第88条增加对于在提起自诉时被告人下落不明时对自诉人救济之规定：适当延长追诉的时效；或交由公安机关受理以查明被告人的下落。而最高人民法院的刑诉解释第188条也可以在增加但书之规定：即自诉人有证据证明被告人犯罪后蓄意出外躲避刑罚的或者不可归责于自诉人的原因在提起自诉时被告人下落不明时应当不受刑诉解释第188条第三项规定之限制，最大限度的保护自诉人的合法权益以达到刑法的惩罚犯罪与保护人民的统一。