当前，人民法院在审理涉农案件过程中，也遇到一些困难和问题，主要有：

一是清欠农民工工资案件大量涌入人民法院，很多案件中原告只能证明给被告提供过劳务，但对工资数额、标准、金额无法举证。人民法院在审理此类案件中，一方面从保护弱势群体利益角度出发应予以保护，另一方面因原告缺乏证据而无法判决。在两难之间，如果调解不成，如何处理？各县法院在审理中操作上不一致，不够统一。有的法院提出，原告起诉后就工资支付标准及具体数额举不出证据的，应责令被告举证，若被告亦举不了证据的，则以原告的主张进行判决。有的主张，原告对自己的诉讼主张有责任提供证据，如果举证不能或举证不足，则应依法判决原告败诉。此类案件在判决时如何掌握尚需统一。

二是清欠农民工工资案件原告起诉后，人民法院为了及时立案审结，寻找被告下落，查询证据线索，查找执行线索等，工作中投入很大的财力物力。原告缓交诉讼费后，诉讼费很多无法收回，有的基层法院在受理案件后为寻找被告、查找线索而不惜多方奔走，甚至采取守候、蹲点等措施，在确实找不到被告下落的情况下，原告主动撤诉。为此，基层法院的同志们提出，办案经费上显得不足，建议政府部门予以补充。

三是当前许多涉农案件的处理中法律依据不足，有些案件难以处理。如现阶段许多村民拆旧翻新盖起了二层小楼，但对这种民居房的建筑承包方的资质、房屋造价、质量等问题发生纠纷后无适合的法律可依，不好处理。拖欠农民工工资案件有的走仲裁前置程序，有的由法院直接受理，法律规定不明确等等。

四是在许多案件，尤其是民、商事案件中，虽从案由上不属典型的涉农案件，但其中往往隐含着许多农民权益问题。如在民事诉讼中占绝对多数的婚姻家庭案件，其中就牵涉到农村妇女承包地、宅基地的分割、分配等问题。农民有的本身经济条件很差，文化水平不高、法律意识更弱，诉讼中难免处于弱势，对其诉权的依法保护等问题也应引起高度重视。

为此，笔者认为审理涉农案件，依法保护农民权益应做好以下工作：

一是要充分认识到审理涉农案件，依法保护好起诉到法院的农民的合法权益，是人民法院在新世纪落实“司法为民”宗旨的重大举措，是人民法院应尽的责任。“三农”问题由来已久、千头万绪，解决起来并非易事，因此必须充分认识“三农”问题的长期性，把治标之举和治本之策结合起来，完善各项措施、制度，建立长效机制是至关重要的。

二是要充分认识加强涉农案件审判工作的重要意义，要从贯彻“三个代表”重要思想，落实“司法为民”要求的政治高度，提高对加强涉农案件审判工作重要性的认识。胡锦涛总书记在全国农村工作会议上强调要“把解决好三农问题作为全党工作的重中之重，放在更加突出的地位”。各级人民法院必须认真学习贯彻《关于促进农民增加收入若干政策的意见》，高度重视涉农案件的审理。要在认真调查研究的基础上，结合本地实际情况，制订切实可行的措施，全面发挥人民法院的各项职能作用，为促进农村经济的发展保驾护航。在审理涉农案件中应该抓住主要案件类型，开展审判工作。在刑事审判中，要加大对妨碍农业发展、破坏农村稳定、损害农民合法权益犯罪活动的惩处力度，维护农村正常的经济和社会秩序，保护广大农民的人身权利，民主权利和生命、财产安全；在民事、行政审判中要进一步加强对涉农民事、行政案件的审判工作，坚决贯彻保护农民合法权益的指导思想；另外，要做好涉农案件的执行工作和涉诉信访工作；要充分发挥基层人民法院及其派出人民法庭在审理涉农案件中的重要作用，尽量把矛盾化解在当地，化解在基层。最高人民法院已于2004年6月28日向全国法院发出《关于加强涉农案件审判工作为农村经济发展提供司法保障的通知》，这是人民法院审理涉农案件的重要指导性文件，各级人民法院要认真组织审判人员学习《通知》精神，坚决贯彻执行。

三是要建立和完善相应的法律、行政法规和规章，依法调整涉农法律关系，为彻底解决“涉农”案件提供重要法制保障。国家最高权利机关已将制定农民权益保护法、修改现行《土地管理法》等列入议事日程。最高法院也已出台了《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》等司法解释性文件，以更加有力地保护农民工权益。随着法律制度的逐渐完善，涉农案件的审理会逐步走入正轨化。但根据审判工作的实际情况和需要，有些问题除了法律的原则规定外，许多方面尚须细化，因此建议有关部门加强地方性法规的立法工作，针对现实中存在的问题，作出相应的规定。比如：如何规范农村民居房屋的建筑行为、建筑单位资质、质量和设计；如何加强土地管理及完善土地补偿费分配问题；如何保障农民妇女结婚、离婚后土地承包经营权问题等均需细化，以便适应审判案件和处理这些纠纷的实际需要.有关政府部门在从源头上解决农民权益问题上起着非常重要的作用，应当切实负起责任，减少纠纷的发生，尤其是在引进订单农业过程中，要加强指导和管理，最大程度地避免和减少农民利益受损。订单农业中，农民权益遭受损失的问题应引起当地政府部门的高度重视。对农民加大法制宣传，特别是农村干部的法制培训至关重要。有的村委会工作人员不学法、不懂法，法律意识较差，不能正确运用法律手段处理与村民有关的日常事务，认为本村的事情村委说了算，有些甚至认为村支书或村长说了算，因此在处理村民切身利益事务时随意性大，不能合理合法地处理各种矛盾。个别案件搀杂着宗族矛盾甚至班子换届等问题，村委会干部受宗族意识，封建思想等影响较大，在处理农村事务中侵犯村民合法权益等。因此加强农民法律意识，尤其是村干部依法办事的意识是减少农村农民权益被侵害事件发生的治本措施之一，有关部门应加强对农民宣传法律和对村干部法律培训力度，使村委会真正发挥依法治村的管理职能作用。