一、制度设置中的障碍

1、农村土地所有权界定不够严格。我国《宪法》第十条规定：“农村和城市郊区的土地，除由法律规定属于国家所有的以外，属于集体所有……”。农村土地归农村集体组织所有。但在实践中，农村土地所有权的主体界定却并不明确，并在很大程度上处于混乱与虚化状态之中。目前，我国农村土地所有权主体主要包括三类，即村集体经济组织、组集体经济组织和乡镇集体经济组织。

但实际上乡、村、组三级集体经济组织只是名义上或者法律上的所有者，而真正的所有者是国家，因为乡、村、组不具有对农村土地的实际控制权。农村集体土地所有权的这种主体多元化与主体界定的模糊，造成了实质上农村土地所有权主体的虚置。相关土地法律法规也只规定了农村土地所有权的归属问题，但没有对农村集体土地所有权主体的经济地位、法律地位、财产地位及其职能范围、行为方式等给予明确规范，从而导致农村集体土地所有权在现实生活中的不规范运动，引发诸多不利于农村土地承包经营权流转的负效应。

2、流转方式规定不够明确。一是《农村土地承包法》规定的家庭承包的农村土地承包经营权主要流转方式有4种，即转包、出租、互换、转让，而《物权法》规定的家庭承包的农村土地承包经营权主要流转方式只有3种，即转包、互换、转让。《物权法》没有将“出租”规定为农村土地承包经营权流转的方式，造成了法律适用上的不一致。二是《农村土地承包法》和《物权法》除规定主要流转方式外，均提到“或者以其他方式流转”，但“其他方式”究竟是什么?在实践中如何界定和把握?《农村土地承包法》提到的代耕、入股、抵押、继承是否都属于其他方式，都很难回答。这给农村土地承包经营权流转实践和司法实践制造了难题。

3、发包方同意权的不适当设置。《农村土地承包法》第37 条规定，采取转让方式流转土地承包经营权的，应当经发包方同意。最高人民法院《关于审理涉及农村土地承包纠纷案件适用法律问题的解释》第13 条规定，承包方未经发包方同意，采取转让方式流转其土地承包经营权的，转让合同无效。但发包方无法定理由不同意或者拖延表态的除外。这种规定存在诸多问题。一是违背了物权法法理，相比之下却和债权法法理更为接近，即转让需经发包人同意，实质是将农村土地承包经营权视为债权。这显然与《农村土地承包法》和《物权法》的立法目的和宗旨相背离。“同意权”只会为集体组织不当干预农户私权利设置冠冕堂皇的借口，“实践中如果承包方与发包方的人际关系不良，他所提出的流转申请发包方就不会同意(因为法律并未规定何种情形下应同意转让流转)，为此，土地承包经营权正常合理流转将障碍重生。”

4、发包方的不确定性。根据我国宪法的规定，农村土地的所有权属于农村集体。农村集体作为农村土地流转的一级市场，属于广义的土地承包经营权流转的主体，农村集体乃是根源。但现有法律对农村集体土地所有权的主体称谓不清，有“集体”、 “劳动群众集体”、“村农民集体”、“乡(镇)农民集体”、“村内各该农业集体经济组织”等等。并且，现行法律并没有明确规定农村集体土地所有权主体的构成要素和运行原则，没有明确产权代表和执行主体的界限和地位。“‘农民集体’并不是一个严格法律意义上的概念，更多的是一个政治意义上的名词。它是传统公有制理论在政治经济上的表述，意指全体农民的集合，是一个抽象的、没有法律人格意义的集合群体，并不能成为法律关系的主体。”

二、实践操作中的不足

1、行政手段的干预。一些基层政府和农村集体组织以发展规模农业的名义，对土地承包经营权的流转下硬性指标，要求土地流转必须达到一定规模，以凸显自己的“政绩”;个别地方甚至强行收回农民的承包地，用于搞所谓的“开发”。这种以行政权力强行介入正常的民事领域以直接参与代替监督的做法，实际上剥夺了农民作为土地承包经营权流转市场的主体的地位;土地流转价格的形成，也不是通过市场来决定，由转让双方平等协商，共同确定，而是由政府部门越俎代庖，极易侵害农民的合法权利。就农民自身而言，乡村组织对承包经营权转让干预越多，他们的抵触情绪就越大，不愿意为了不确定的收益而放弃自己的土地，容易产生纠纷。

2、流转手续不规范。根据《农村土地承包法》第三十七条和第三十九条第二款规定，农村土地承包经营权流转的，当事人双方应当签订书面合同，并应当经发包方同意或者备案；代耕不超过一年的，可以不签订书面合同。这样规定的目的，在于通过书面的形式和备案的形式规范农村土地承包经营权流转行为，避免争议的发生。即使引发了争议，也有书面凭证予以解决。但是，由于农村“熟人社会”的特点，在农户之间的土地承包经营权流转中，大多数人认为都是乡里乡亲的，没有必要履行相关手续，因此都是私下流转农村土地承包经营权，不签订书面合同或契约，只进行口头约定;有的即使签了书面合同，但条款不规范、不完善，流转方式不明确，流转合同双方的责、权、利关系没有明确规定，没有违约责任和保障条款，没有注明流转期限，没有充分考虑市场变化因素等等问题，一旦引起纠纷就很难调解。

3、国家三农政策变革带来的影响。农村土地第二轮承包初期，农民负担较重，农民经营土地的积极性不高，一些地方出现了弃耕、撂荒甚至拒绝承包土地的现象。随着国家三农政策的不断变革，农民承包经营土地所负担的费用日益减轻，土地收益日益提高。原本那些因为承包经营土地成本高收益低而将承包经营权流转给他人而外出打工的农民，有的要求收回土地承包经营权，有的要求增加流转费用，有的因协商不成抢种土地而大打出手。因为当事人不能预见的国家政策改变，如果再继续履行原来的约定，在当事人之间无疑造成了显失公平的结果。另外高速公路、国道、省道、城镇工业园区建设等国家土地征用补偿，增加了纠纷的发生。

4、镇、村组织管理服务的缺位。集中表现在对农户土地流转行为的规范和管理方面：（1）村级干部法律素质较低。很多村干部对土地承包法律法规一知半解，对国家政策掌握不全，认为土地承包经营权流转是农户自己的事，村里不必管。（2）很多地方的土地承包经营权证书发放不到位。土地二轮承包时，各村为解决历史上遗留的欠缴经费问题、计生问题，而将农户的证书扣留不发，有的村因农户相互之间存在矛盾也将矛盾户的证书暂且扣留后又忘了发放。这些情况在各镇、村均不同程度地存在。在具体案件的审理中发现，没有发放承包经营权证书的农户进行的承包经营权流转，比已经发放证书的流转产生纠纷的概率要高得多，而有一方农户持有证书的纠纷比双方均无证书的纠纷处理起来难度也相对较小。

5、滞后的农村社会保障制度。一直以来，我国农村土地不仅仅作为生产资料的功能存在，而且还作为生活资料的功能存在，国家和集体在给予农民承包地后，不再为其提供生老病死的社会保障，使农村土地在保障国家粮食安全、农业稳定的同时，还承载着对农民生存保障的责任。尽管近两年我国试点推行了新农村合作医疗、农村最低生活保障和农村养老保险制度，但覆盖面还非常小，标准也非常低，尚不能给予农民充分的生存保障，广大农民仍然把土地作为安身立命的基本生活资料作为“活命田”和就业“保险田”。因此，不建立农民的社会保障制度，就不可能让农民真正感受到离开土地的安全感，也不能从根本上增强农民抗拒市场风险的能力。