安徽阜阳劣质奶粉事件发生后，遵照温家宝总理的重要指示，国务院迅速派出调查组赶往阜阳市，会同安徽省政府展开全面调查。截至目前，国务院调查组已基本查清阜阳劣质奶粉的致病原因、危害范围及其生产源头、销售渠道和销售范围等，并组织当地医疗机构对受害婴儿进行了救治。
　　经对当地２００３年３月１日以后出生、以奶粉喂养为主的婴儿进行的营养状况普查和免费体检显示，因食用劣质奶粉造成营养不良的婴儿２２９人，其中轻中度营养不良的１８９人。目前尚有２８名诊断为营养不良的婴儿正在医院接受治疗，患儿病情稳定，营养状况逐步改善。
　　经国务院调查组核实，阜阳市因食用劣质奶粉造成营养不良而死亡的婴儿共计１２人。其中，阜阳市政府先前公布的１３人中，３人分别死于其他疾病，本次又新核查出２名婴儿因食用劣质奶粉导致营养不良而死亡。
　　国务院调查组通过卫生学调查证实，不法分子用淀粉、蔗糖等价格低廉的食品原料全部或部分替代乳粉，再用奶香精等添加剂进行调香调味，制造出劣质奶粉，婴儿生长发育所必需的蛋白质、脂肪以及维生素和矿物质含量远低于国家相关标准，但没有发现铅、砷等有毒有害物质超标，也没有检出激素成分，基本排除受害婴儿受到毒性物质侵害的可能。长期食用这种劣质奶粉会导致婴幼儿营养不良、生长停滞、免疫力下降，进而并发多种疾病甚至死亡。
　　经初步调查，阜阳市查获的５５种不合格奶粉共涉及１０个省（自治区、直辖市）的４０家企业，既有无厂名、厂址的黑窝点，也有的是盗用其他厂名，还有证照齐全的企业。这些劣质奶粉主要通过郑州万客来市场、合肥长江批发市场、蚌埠市太平街新市场、阜阳元丰市场等批发市场和生产厂家批量购进并批发到各县（市）、区的奶粉经销商、超市、百货商店、日杂店和行政村的小卖部，销售范围主要是阜阳市各区县的乡镇和农村市场。
　　在国务院调查组的统一组织下，阜阳市对制售劣质奶粉违法犯罪行为依法进行了严厉打击。截至目前，共抽检各类奶粉５８６组，扣留、封存、暂停销售奶粉１０多万袋；立案查处涉嫌销售不合格奶粉案件３９起，打掉生产及分装窝点４个，刑事拘留４７人，留置审查５９人，宣布正式逮捕３１人，依法传讯２０３人。
　　国务院调查组组长、国家食品药品监管局局长郑筱萸表示，基本查清阜阳劣质奶粉事件只是一个阶段性成果。有关部门将以这一事件为线索，继续对劣质奶粉的生产、包装、销售等环节追根溯源，依法彻查，严厉打击；在查清情况的基础上，严肃处理阜阳劣质奶粉事件的有关责任人。